שלב הכנת התכנית:

תוכניות מתאר, משמשות להשגת יעדים חברתיים, כלכליים ואחרים, ולא רק יעדים פיזיים צרים המסתפקים ברצון להסדיר זכויות בנייה על פי סוג שימוש וכמות בנייה מותרת. מכאן, לתכנון קיימת חשיבות והשפעה מכרעת על עתיד ואיכות חייהם של אזרחי המחוז בתחומים השונים, על חלוקת המשאבים במחוז, ועל פיתוחן של קבוצות האוכלוסייה השונות בו. התכנון, אמור ליישם את עקרונות הצדק החברתי והמרחבי, להבטיח שוויון וצדק תכנוני בין קבוצות האוכלוסייה השונות ולשמש מנוע לפיתוח חברתי, כלכלי ומרחבי.

התכנון נתפס כיום כתהליך אשר תחילתו בשלבים הראשוניים של בדיקת נתוני רקע, צרכים ועמדות, ממשיך לשלב הכנה סופית של התוכנית (תשריטים ותקנון) ומסתיים בהליך ביצוע, בקרה ויישום התוכנית לאחר אישורה. בעוד שבעבר הושם דגש רק על המוצר הסופי, על התכנית הסטטוטורית לא על תהליך הכנתה, כיום נתפש תהליך הכנת וביצוע התוכנית כחלק בלתי נפרד הימנה.
מתוך מודעות לחשיבות שלב התכנון בחייה של תכנית מתאר, יוזמים מוסדות התכנון בחלק מהתכניות הקמת ועדות היגוי וועדות עורכים לתכניות נבחרות אשר מטרתם להעמיק את מעורבות הציבור בתהליך התכנון כבר מהשלב הראשוני ועד להפקדה.
הליך התכנון נחשב כהליך מנהלי וההחלטות בהמלך חייה של תכנית מתאר נחשבות כהחלטות מנהליות. אי לכך הליך הכנת תכנית מתאר צריך ויכלול בדיקה מקיפה ועניינית של העובדות הרלוונטיות בשטח ולעובדות המקצועיות הרלוונטיות באשר לתוכניות המתאר. 

שלב הפקדה- חשיבות הליך ההתנגדויות:

ההתנגדות היא המכשיר שבאמצעותו ניתנת לאזרח זכות טיעון בפני הרשות עובר לפגיעה בו בגדריה של תכנית. שניים הם עקרונות היסוד העומדים מאחורי הליך ההתנגדויות לפי חוק התכנון והבניה: עקרון השקיפות, ועקרון שיתוף הציבור. עקרון השקיפות נקבע (בין השאר) בהוראות סעיף 89(א) לחוק, ולפיו הודעה על הפקדת כל תכנית תפורסם ברשומות, בעיתון, במשרדי רשויות מקומיות ועוד. הפרסום על דבר ההפקדה מביא לידיעת הציבור את דבר התוכנית המיועדת; המעוניינים רשאים לעיין בתוכנית (סעיף 96 לחוק); ואם רואים הם את עצמם נפגעים, מוקנית להם הזכות להגיש התנגדותם לתוכנית ולטעון טענותיהם (סעיפים 100 ואילך לחוק). הליך זה נחשב כהליך שיתוף ציבור בטרם אישורה של תכנית מתאר.
לאור חשיבותו של הליך זה, גם חובת הפרסום גם זכות ההתנגדות המוענקת על פי חוק, נחשבים כתנאים מוקדמים לשימוש בסמכות. דהיינו הפרסום ברבים על אודות כוונה ליתן תוקף לתוכנית מוצעת, ועימו הקניית זכות התנגדות, הוכרו ומוכרים בהלכה כיסודות חיוניים לקיומו של הליך תכנון תקין וחוקי (בג"צ 288/00, אדם טבע ודין ואח' נ' שר הפנים ואח'; ע"א  97 / 2962  ועד אמנים – חוכרים ביפו העתיקה נ' הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה תל-אביב פס"ד נב (2), 362, 379).

שלב אישור – מעמדן של תכניות מתאר:

מעמדן הנורמטיבי של תכניות של רשויות תכנון ובנייה הינו של חקיקת משנה (ראה לעניין זה: ע"א 2962/97 ועד אמנים – חוכרים ביפו העתיקה נ' הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה תל-אביב, בעמ' 376 וכן ע"א 6291/95 בן יקר גת חברה להנדסה ובנין בע"מ נ' הוועדה המיוחדת לתכנון ולבנייה מודיעין, בעמ' 851).

שלב היישום בפועל :

כל תכנית תציין את התאריך המשוער לביצועה, ואם יש צורך תקבע שלבים לביצוע והתאריכים לביצוע כל שלב. יחד עם זאת, הפסיקה קבעה כי התאריך לביצוע תכניות הינו משוער בלבד והוא בד"כ מתייחס לתחילת ביצוע תכנית ולא לסיום ביצועה (בג"צ 1636/92 עמותה לשמירת איכות החיים והסביבה ברמת – אביב ואח', נ' הועדה המחוזית לתכנון ולבניה מחוז ת"א, פ"ד מז (5), 537).

היררכיה בין תכניות מתאר (129-131):

כמפורט לעיל קיימות 4 סוגי תכניות מתאר. ואלה הן: תכניות ארציות, תכניות מחוזיות, תכניות מקומיות ותכניות מפורטות. "ארבע תכניות אלו מצויות במידרג הירארכי ביניהן לבין עצמן: ראשונה ועליונה תכנית מיתאר ארצית, וכוחה יפה מכל תכנית אחרת. אחריה - ותחתיה - תכנית מיתאר מחוזית; אחריה ותחתיה תכנית מיתאר מקומית; ומתחת לכל אלו - תכנית מפורטת. [...] טבע הדברים הוא, שמידת פירוטן של תכניות ילך ויגבר ככל שנרד במידרג ההירארכי, והרי אחד מייעודיהן של תכניות הוא לבצע תכניות שמעליהן. (בג"צ 2820/94 אדם טבע ודין נ' המועצה הארצית פ"ד נ (3) 441, בעמ' 460 – 461).
משמעותה של היררכיה זו הינה כי על התוכנית המפורטת להיות מותאמת לתוכנית המתאר הכללית מעליה ואין היא יכולה לסתור את הוראותיה של האחרונה. (עת"מ (ב"ש) 264/08 אדם טבע ודין - אגודה ישראלית להגנת הסביבה נ' הוועדה המחוזית לתכנון ובניה - מחוז דרום; עת"מ (נצ') 256/09  אדם טבע ודין נ' הועדה המחוזית לתכנון ולבניה - מחוז הצפון, (לא פורסם, 24.11.2009)).

ביקורת שיפוטית על החלטות מוסדות תכנון:

הלכה פסוקה היא כי בית משפט לעניינים מנהליים, כמו גם בית המשפט העליון איננו שם עצמו כמתכנן על וככלל בתי המשפט לא יתערבו בהחלטות של רשויות התכנון. יחד עם זאת, הלכה זו סויגה ובתי המשפט כן יתערב בהחלטות רשויות תכנון היכן שאלה נעשו, בין היתר, בחוסר סבירות, תוך כדי פגיעה בעיקרי הצדק הטבעי, תוך כדי חריגה מסמכות, תוך כדי אפליה ולהשגת מטרות זרות וכד'. (בג"ץ 4776/03 מלון דג'נסי ירושלים בע"מ נ' מר אברהם פורז – שר הפנים, פורסם בנבו (2005); עע"מ 2418/05 צ'ארלס מילגרום נ' הוועדה המחוזית לתכנון ולבניה, פ"ד מה(3) 288 (2005); בג"ץ 1135/93 טרייסי ס.א. חברה זרה נ' הוועדה המקומית לתכנון ולבניה הרצליה, פ"ד מח(2) 622 (1994); ה.פ. (חי') 30035/97 אבו סאלח מוחמד נ' הועדה המחוזית לתכנון ובניה - מחוז חיפה, פורסם בנבו (1998)).
דוגמאות להתערבות בתי המשפט בהחלטות רשויות התכנון ניתן למצוא בשורה של פסקי דין בהן נפסלו תכניות תוכניות מתאר, בין היתר, על סמך אי בדיקה מעמיקה של הנושאים והעובדות שצריכים לעמוד בבסיס תוכניות מתאר למיניהן, וכן אי בדיקת חלופות תכנוניות כאשר הדבר מתבקש מנסיבות העניין. הפסיקה קבעה לא אחת, כי סבירותה של החלטה תכנונית לרבות תוכנית מתאר נאמדת על פי העלאת השיקולים הרלוונטיים בנסיבות העניין ועשיית איזון ראוי וסביר ביניהם. דוגמא בולטת ניתן למצא בפסק הדין בעניין האשם סואעד (בג"ץ 7960/99 האשם סואעד ואח' נ' המועצה האזורית משגב ואח', פס"ד נה (5) 929, 937 (2001)) בו מתח בית המשפט העליון ביקורת חריפה על רשויות התכנון אשר בחרו להוציא מתחום תוכנית המתאר חלק מהשכונות בישוב כמאנה ובכך לא לתת לעשרות בתים, אשר נבנו במהלך השנים ללא היתר, פתרון תכנוני הולם. בית המשפט הורה לועדות התכנון להשלים את תוכנית המתאר, להרחיב את גבולותיה ולכלול את הבתים האמורים בתוך הקו הכחול של התוכנית.
דוגמא נוספת להתערבות בתי המשפט ניתן למצוא בעניין החברה להגנת הטבע בו ביטל בית המשפט העליון תוכנית מתאר לכביש מאחר והועדה המקומית לא שקלה את הצורך בעריכת "תסקיר כללי" להשפעה על הסביבה והיות ואינטרסים סביבתיים לא באו לידי ביטוי בדיוני ועדות התכנון (עע"מ 9654/06 החברה להגנת הטבע נ' ועדת המשנה לעררים של המועצה הארצית לתכנון ולבניה, פורסם בנבו (2008)). ובעניין אבו סאלח בו ביטל בית המשפט המחוזי בחיפה החלטה של הועדה המחוזית לתכנון ולבנייה הנוגעת לתוואי כביש מאחר והיא נגועה בחוסר סבירות מהותית (ה.פ. (חי') 30035/97 אבו סאלח מוחמד נ' הועדה המחוזית לתכנון ובניה - מחוז חיפה, פורסם בנבו (1998)). בעניין גאלב בדר ביטל בית המשפט לעניינים מנהליים בירושלים החלטה של רשויות התכנון שלא לאשר תוכנית מתאר אותה יזמו העותרים לשינוי יעוד מקרקעין למגורים לאחר שזה יועד במסגרת תוכניות מתאר קודמות להרחבת בית הקברות בהר הזיתים בירושלים. בית המשפט הבהיר, כי " הגעתי למסקנה כי הועדה לא שקלה את כל השיקולים הנוגעים לעניין והחלטתה אינה מבוססת על תשתית עובדתית מוצקה ואינה מאזנת נכונה בין האינטרסים השונים העומדים לדיון. לפיכך, יש לקבוע כי ההחלטה נגועה באי סבירות קיצונית המצדיקה את התערבות בית המשפט." (עת"מ (י-ם) 338/07 גאלב בדר נ' הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה ירושלים פורסם בנבו (2008), פסקה 73 לפסק הדין). פסק דין נוסף ניתן בעניין אדם טבע ודין, בו ביטל בית המשפט העליון החלטת רשויות התכנון והממשלה לאשר תכנית לסלילת כביש מס' 9 המחבר בין כביש 2 (כביש החוף), כביש 4 (כביש תל-אביב – חיפה הישן) וכביש 6 (חוצה ישראל) באזור צפון השרון מאחר ולא ניתנו הנחיות לבחון חלופות נוספות לכביש במסגרת תסקיר השפעה על הסביבה, אף שזה מעוגן בתמ"א 3 – תכנית המתאר הארצית לכבישים (בג"ץ 9409/05 אגודה ישראלית להגנה על הסביבה נ' הוועדה הארצית לתכנון ובנייה של תשתיות לאומיות, פורסם בנבו (2009)).